Став начальницей обители в невероятно тяжелое, многострадальное время смуты, Елисавета Алексеевна своей кротостью, терпением и решительным следованием воле Божьей, возвещенной через блаженных дивеевских стариц, смогла выстоять в правде и направить духовную жизнь обители по заповедям преподобного Серафима.

Как известно, после кратковременного управления Дивеевским монастырем неправедно избранной Гликерией Занятовой, по указу Святейшего Синода к начальству вернулась Елизавета Алексеевна Ушакова, пережив при этом  унизительную клевету во время судов и следствий.

18 ноября 1861 года прибыл в Дивеево благочинный Тамбовской епархии архимандрит Черняева монастыря с указом, что обитель временно переведена в ведение преосвященного Феофана (впоследствии святитель Феофан, затворник Вышенский), и Елисавета Алексеевна Ушакова вновь приняла начальство над  обителью. После полугодового управления монастырем Лукерьей Занятовой Елисавета Алексеевна не нашла денег ни копейки,
и все запасы, ранее приготовленные на зиму, были истрачены и долги на обитель увеличены. Сборщицы-пособницы Гликерии, проживавшие в Петербурге, только возмущали благочестивых и ничего не доставляли монастырю из сбора. Некоторые сестры отсутствовали в обители, и бывшие начальница и казначея скрывали их местонахождение, не повинуясь и продолжая заниматься происками. А саровский строитель Серафим, пострадав от клеветы и следствия, хотел было прекратить всякие отношения с Дивеевским монастырем и всякую помощь, отчего сестры, которых было уже около 500, могли бы замерзнуть без Саровских дров. Благодаря святителю Феофану, уговорившему строителя не держать обиды и не оставлять бедствовавших сестер, а помогать лесом и деньгами, удалось избежать голода и холода.

Святитель Феофан, как муж высокой духовной жизни, всем сердцем расположился к обители прп. Серафима и быстро уразумел, какого она духа и направления. Сердцем он почувствовал тот невидимый для других духовный огонь, которым светились души Серафимовых сирот, и взаимную любовь, покрывавшую скорби, вражьи наветы и испытания, по молитвам старца Серафима подходившие к концу.

Также поручалось преосвященному Феофану предписать строителю Саровской пустыни и в дальнейшем оказывать Дивеевской обители вспоможение отпуском леса и других потребностей, а в случае надобности и деньгами из монастырских сумм до 600 рублей.

Во исполнение указа и распоряжения по нему святителя Феофана архимандрит Черняева монастыря Тамбовской епархии Герман 6 марта 1862 года постриг Елисавету Алексеевну в монашество с именем Мария в честь равноапостольной Марии Магдалины.

В участии в делах Серафимо-Дивеевского монастыря таких благодатных рабов Божиих, как святитель Феофан, Затворник Вышенский, святитель Филарет (Дроздов), митрополит Московский, преподобный Антоний (Медведев), наместник Троице-Сергиевой Лавры, святитель Антоний Воронежский, прославленных ныне в лике святых, а также преосвященных Иеремии и Иакова Нижегородских, нельзя не видеть воли Божией и Царицы Небесной, «выправлявшей дела Своей обители».

В официальном описании монастыря от 1885 года говорилось: «Горькия слезы тяжелой скорби столь уже много лет всего натерпевшихся, преследуемых, гонимых, поистине многострадальных сирот Серафимо-Дивеевских превратились в слезы радования и благодарения. По высылке же вследствие указов трех главно-возмущавших лиц, из крестьян девицы Гликерии Васильевны Занятовой, девицы из мещан Прасковьи Павловой Ерофеевой, еще самим старцем Серафимом лично называемой «Ивановою» («и это не моя, а Иванова сестра!») и девицы из дворян Глафиры Маккавеевой, которые, приютившись на расстоянии сорока верст в имении дочери генерал-майора Елисаветы Алексеевны Копьевой, покровительством преосвященного Нектария и посылаемыми пожертвованиями чрез о. Иоасафа, открыли при с. Понетаевке женский монастырь — упрочилось наконец столь давно желаемое спокойствие Серафимо-Дивеевского монастыря».

Когда-то прп. Серафим говорил сестре Варваре Ивановне: «Видела ли ты, матушка, коноплю? Конопля вещь хорошая, преполезная конопля, матушка! Вот и у меня в Дивееве-то девушки, что конопля хорошая! А когда ее полят-то, радость моя, чтоб лучшая была, посконь-то и выдергивают, матушка! Вот и помни, у вас то же будет! Как пополят да выдернут всю посконь-то, более, еще выше поднимется да краше зазеленеет! Ты это помни, это я тебе говорю!»

14/27 марта 1862 года новопостриженная монахиня Мария (Ушакова) была посвящена в сан игумении святителем Феофаном в г. Тамбове.

О том, как управляется Дивеево, батюшка Серафим говорил сестрам так: «Матерь Божия Сама нареклась вам Игумениею, …Единая Она вам Игумения ваша, вечно Верховная, игумения же только наместница Владычицы, исполнительница воли Ея, …которую Царица Небесная научает и чрез нее Сама управляет обителью!» Избранница Матери Божией и преподобного Серафима, свято чтущая заветы Верховной Дивеевской Игумении и во всем послушная Ее воле, упованием и верою претерпев не уязвившие, а только закалившие ее испытания, игумения Мария приступила к устроению жизни в обители по правде Божией, по заповедям, переданным Преподобным, которые хранили дивные Серафимовы старицы, горячо любившие ее. Были приняты для всей обители устав, молебное правило и житейское законоположение, «из уст в уста» возвещенные Царицей Небесной святому старцу.

Еще в 1848 году, при сопротивлении о. Иоасафа и борьбе с ним верных последователей прп. Серафима, состоялась закладка собора на месте, указанном великим старцем, но строительство его было заброшено, а приготовленные материалы использованы о. Иоасафом на постройку тесной Тихвинской церкви в конце Канавки. Игумения Мария, хорошо понимая, что сооружение монастырского собора — первоочередная задача, как только стала настоятельницей общины, озаботилась его строительством и уже к 1860 г. были вновь заготовлены материалы и начаты работы. Надеясь вытребовать от о. Иоасафа полученные им на собор деньги, более 40 тысяч, упомянутые в следственных делах, игумения Мария в 1864 году поехала в Москву и Петербург. В Москве она имела радость быть представленной митрополиту Филарету и поблагодарила его от имени Серафимовой обители за отеческое участие во время смуты и следствия. В опубликованном письме святителя к обер-прокурору Св. Синода А.П. Ахматову об игумении Марии говорится следующее:

«Письмо сие представит вашему превосходительству Дивеевская игумения Мария, старица, по выражению апостольскому, кроткого и молчаливого духа. Удостойте ее вашего внимания.

Она хочет искать помощи христолюбивых для построения храма, начатого прежним руководителем сего общества Иоасафом в размерах не по силам обители. Говорят, что в руках Иоасафа были для сего немалые средства, но в руках его и остались. Сомнительно, чтобы игумения Мария получила в сем деле довольный успех, потому что благорасположенные к прежней Дивеевской начальнице Гликерии предубеждены против ее преемницы, не зная истины происшествия. Истина же в том, что добрая Гликерия управляема была не мирными сестрами, а добрая Мария сохраняла положение спокойное, страдательное и терпеливое.

Игумения говорила мне, нельзя ли просить для их храма пожалованных Государынею Императрицею нескольких тысяч рублей на построение женского при Дивееве скита, предположенного, но не состоявшегося. Я отвечал ей, что сего предмета едва ли можно коснуться, и что дар Ея Величества вероятнее может обратиться в пользу монастыря, который предполагает устроить Гликерия. Вы лучше можете знать, как рассуждать о сем!»

Эта поездка игумении Марии, конечно, не увенчалась особым успехом. Тем не менее с 1865 года продолжилась постепенная постройка собора без пожертвований крупных капиталов, на малые средства, но с твердой верой в помощь прп. Серафима, с необыкновенной радостью предсказавшего сестрам, бедствовавшим в то время в Мельничной общине, пятиглавый чудный собор, «вельми чудный». За неимением вблизи кирпичных заводов и материалов для постройки пришлось устроить на монастырской земле завод и вырабатывать свой кирпич. В течение десяти лет собор, предполагавшийся как летний, был снаружи окончен. Преосвященный Иеремия, епископ Нижегородский, нашел лучшим освятить этот собор во славу Живоначальной и Животворящей Троицы, и при воздвижении креста над собором воочию всех присутствовавших вились в вышине три белых голубя и три журавля. Следующую зиму в заколоченном соборе слышалась как бы непрекращающаяся работа, а в 1875  году неожиданно для монастыря преосвященный Иоанникий решил освятить давно ожидаемый собор всего лишь с тремя необходимыми иконами в день празднования иконы «Умиление» Божией Матери, 28 июля/10 августа, указывая на которую прп. Серафим говорил сестрам: «Поручаю и оставляю вас на попечение вот этой Царицы Небесной», а затем перед ней и скончался. Правый предел во имя этой иконы, которая впоследствии находилась в нем справа в специальном киоте, был освящен в 1880 году, 2/15 июня. Левый придел был оставлен неосвященным до времени прославления в лике святых прп. Серафима. На хорах так же были устроены приделы. С 1875 года в теплое время года в соборе стали непрерывно совершаться службы, но отделка его продолжалась еще долгие годы. Посетивший Дивеево в 1903 году А. Трациевский писал: «Пораженные непривычным для нас грандиозным внешним видом храма, мы были приятно удивлены, когда, очутясь внутри, уже не замечали его обширности: настолько гармонировали между собою размеры… Присмотревшись ко всей обстановке его, вскоре же почувствуешь, что в устройстве этого храма участвовал мягкий художественный вкус просвещенной женщины, которая создавала место молитвы для себе подобных. Светлая живопись иконостаса не выходила из обычного стиля, но большие иконы-картины, писанные на полотне, были уже художественные и опять-таки поразили нас… Потом нам объяснили, что эти картины писаны молодыми монахинями, посылавшимися для обучения в Академию Художеств… Но обозрение нового и редкого храма не отвлекло нас от шедшей службы. Женственно мягка, приятна была эта служба! Пение хора монахинь неслось со средних хор стройным и звучным аккордом, а приятный баритон диакона служил ему как бы фоном. Четкое выразительное чтение кафизм позволяло разбирать каждое слово».

Начиная благоустройство монастыря, игумения Мария в первую очередь привела в порядок святые места обители. Канавку Пресвятой Богородицы, которую при Иване Тихонове начали засыпать мусором, стали регулярно чистить, посыпать желтым песком, убрали мосты и переходы.

Матушка Мария озаботилась и устройством дорогих дивеевским сестрам могил у алтаря Казанской церкви преподобных первоначальницы Александры, Марфы и Елены. На могиле матушки Александры с давних времен находилась сложенная из обыкновенного кирпича гробница, наполовину обрушившаяся. В 1869 году нашелся было и жертвователь, чтобы построить памятник-часовню на могиле первоначальницы, но, видно, то было ей не угодно. Ввиду того, что земля и кладбище приходские, игумения Мария должна была просить на то дозволения у местного благочинного, священника села Кременки, который на ее отношение ответил отказом. В 1871 году другой благочинный дал разрешение, и поэтому игумения Мария построила сама маленький кирпичный памятник наподобие часовни. Келлия матушки Александры у Казанской церкви, в которой она жила и скончалась, для ее сохранности была покрыта в 1886 году деревянным, наподобие футляра, двухэтажным корпусом, где сосредоточили все бережно хранившиеся вещи первоначальницы.

К 1864 году удалось с Божией помощью привести в порядок внутренний быт обители и обеспечить сестер продовольствием.

При игумении Марии в монастыре было построено более тридцати корпусов разного вида и величины, большей частью в два этажа и крытых железом. В них размещались, в основном, мастерские. Сестры жили, как правило, в тех же корпусах, где проходили послушания.

В 1885 году был возведен большой игуменский корпус, где располагались келлии игумении Марии, административные помещения монастыря, канцелярия и жили сестры, трудившиеся на этих послушаниях.

Вместо сгоревшей трапезы в 90-е годы XIX века была построена новая с церковью во имя св. блгв. князя Александра Невского на месте старого кладбища, о чем предсказывал прп. Серафим.

Колокольню начали строить в 1893 г. В 1902 году Елена Ивановна Мотовилова так рассказывала об этом С.А. Нилусу: «Все у нас делается в монастыре батюшкой отцом Серафимом. В трудные минуты монастырской жизни все на него одного надеются и на его молитвы к Царице Небесной. — «Уж это, как батюшка укажет», — говорит в таких случаях игумения и батюшка, действительно, указывает — смотришь — или чудом все устроится, или доброго человека Господь пришлет на выручку обители из затруднения. Вот теперь большая скорбь у нас: колокольня наша сорока сажен высоты стоит неоконченная. Строил ее наш епахиальный архитектор, да Господь попустил такому греху случиться — этот архитектор колокольню-то выстроил, да нынче весной возьми да убей свою жену. Над ним суд назначили, а к нам прислали нового; а новый нашел, что колокольня, вчерне уже совсем отстроенная, неправильно выстроена — наклон, будто, имеет опасный, и прекратил работы. Было бы, кажется, над чем задуматься и чему огорчиться — не богата наша обитель капиталами — живем сами день за днем верой в о. Серафима! Доложили матушке игумении: «Видно, так батюшке о. Серафиму нужно!» — только и сказала наша матушка. Теперь повесили в середине колокольни отвес, и мы все ждем, каково будет распоряжение о. Серафима. Нам говорят: «Сломать заставят вашу колокольню», а мы веруем, что выйдет от батюшки распоряжение для славы Божией и пользы обители». Действительно, вера дивеевских насельниц не была посрамлена. Наклон был признан даже полезным в архитектурном отношении из-за расположения Дивеева на склоне, и колокольня была достроена с примыкающими по сторонам трехэтажными корпусами и святыми воротами. Самый большой колокол на I ярусе весил 500 пудов (8 тонн), II ярус был трезвонный, а на III ярусе были помещены башенные часы, которые каждую четверть часа вызванивали молитву: «Пресвятая Богородице, спаси нас».

Основной доход монастырю приносили многочисленные мастерские: живописная, литографическая, где также занимались фотографией и метахромотипией (переведением гравированных картин с помощью особого состава на жесть, камень и дерево), резьбой по металлу и переплетным делом. Иконы писались не только для украшения храмов своей обители, но и по заказам для иконостасов других церквей. Также по заказам литографировали разные бланки.

Монастырские нужды обеспечивали хлебное, просфорное, портновское, ризное, манатейное послушания (манатея — тонкая домотканая шерсть). По заказу вышивали золотом, шелками, гладью по батисту и полотну. В свиточном шили свитки (рубашки) для саровской братии, до 400 штук ежегодно.

Множество корпусов занимали хозяйственные послушания: стекольный, красильно-малярный, погребной, огородный, садовый, мельничный.

В монастыре был очень большой фруктовый сад, где преобладали яблони и разные ягоды. Уход за деревьями и прививка яблонь производилась исключительно сестрами, как и большая часть работ в поле и на своей мельнице. Для молотьбы и ссыпки хлеба имелся молотильный корпус и две житницы. В трапезу, просфорню и богадельню была проведена вода из водокачки, снабжающей потребным количеством воды весь монастырь и две бани. У главных ворот монастыря были устроены иконная лавка и караулка.

В отдельных корпусах помещались богадельня для хронически больных и престарелых сестер, зубоврачебный кабинет и больница для заболевших. При монастыре был устроен приют для девочек, преимущественно сирот, где их учили священники, а рукоделию и духовному пению обучали сестры обители.

Вне ограды монастырю принадлежали две гостиницы (одна дворянская, другая для простого народа), конный двор с необходимыми постройками: кузницей и двумя избами для рабочих, а также пять домов для священников и диаконов с надворными строениями и садом. При монастыре было три штатных священника и один диакон. Они получали весьма ограниченное жалование и пользовались всем необходимым для жизни от монастыря.

Хор сестер был многочисленный. Пение было доведено до высокой степени совершенства и все службы, даже и в будничные дни, отправлялись благоговейно и торжественно.

К началу ХХ века Серафимо-Дивеевский монастырь стал крупнейшим иноческим общежитием и паломническим центром. «Это не монастырь, а целая область, раскинувшаяся на три версты»,— так отозвался о нем Нижегородский епископ Иоанникий. Только благоустроенное, хорошо отлаженное хозяйство позволяло содержать в порядке монастырь и обеспечивать проживание более тысячи сестер.

Княжна Елена Горчакова в своей книге о Дивеевском монастыре, изданной в Москве в 1889 году, писала: «Постоянных благодетелей обитель не имеет. Бывают такие времена, что в обители нет ни хлеба, ни денег, но старицы не унывают, всю свою надежду они возлагают на Господа, и Господь их не оставляет — неожиданно является помощь и нужды обители удовлетворяются.

«В глазах наших каждый день творятся чудеса,— говорили мне матушки игумения и казначея,— самое существование нашей обители есть величайшее чудо. Мы верим, что она была основана о. Серафимом не по его желанию, а по явному изволению Матери Божией, Которая много раз являлась ему во всей Своей славе и избрала это место для прославления Своего имени; Покровительница наша никогда нас не оставит, но всегда защитит и помилует. Сколько раз спасала нас Царица Небесная от хитрых наветов людских и злой клеветы человеческой! И если попускала временно в обители торжество лжи и неправды, мы верим, что все наши скорби, беды и нужды были нам ниспосланы свыше, как испытание и утверждение в вере длянаибольшего прославления всемогущей силы Творца и милосердия Его Пречистой Матери. Не знаем, долго ли мы еще будем бороться с материальной скудостью и лишениями всякого рода, но, памятуя слова святого старца Серафима о будущем величии нашей обители, мы предаем себя всецело всеустрояющему Промыслу Божию и с сокрушенным сердцем, в полном смирении и сознании своей немощи, надеемся на Его благость и беспредельное милосердие».

Таковы чувства не только двух руководительниц и прочих стариц Дивеевской обители, но и тех сестер, которые поступили в монастырь в последнее время и только по преданию и по рассказам некоторых престарелых инокинь, знавших о. Серафима лично, сохраняют в сердцах своих память о его трудах, чудесных исцелениях и святой подвижнической жизни, венцом которой явилось явное избрание его Матерью Божиею для устроения по Ее святой воле их обители».

Святитель Феофан Затворник, посвящавший матушку Марию в сан игумении, писал ей: «Предпострадавши, как угодно было сие Господу, потрудились Вы потом благоплодно в устроении обители и по внешности, и по внутреннему чину. И Господь благословлял и благословляет труды сии. Слава и благодарение богатому Его милованию Вас! Вы — обожженный вначале кирпич. А такие кирпичи долго служат, хотя бы пришлось им лежать в воде. Поминаю об этом, что надежда на долголетие небезнадежна. Желаю паче всех, чтоб Вы прочее насладились покоем и миром душевным, смотря на то, как преуспевает под Вами обитель Ваша по прочно установившимся при Вас порядкам и правилам». В знак своего благословения дивеевской игумении святитель Феофан неоднократно присылал ей иконы своего письма.

Все рассказы о игумении Марии единодушно свидетельствуют, что она своей жизнью исполнила главную заповедь преподобного Серафима — о стяжании духа мира во Христе. «Когда человек придет в мирное устроение, тогда он может от себя и на других изливать свет просвещения разума». Так и матушка Мария, пройдя путем многих скорбей, предназначенным всем хотящим угодить Богу, стала хранительницей бесценного сокровища, мира Божия, в котором «разрушается всякая брань воздушных и земных духов», и своим мирным сердечным устроением умиряла души других людей. По словам преподобного Серафима, пребывая в мирном устроении, то есть с совестью благою, человек этим путем переходит и в премирное, когда его ум созерцает в себе благодать Святого Духа, по слову Божию: «в мире место Его» (Пс. 75,3).