Яков Иванович Гусев родился 19 октября 1887 года в семье священника Серафимо-Дивеевского монастыря протоиерея Иоанна Феофановича Гусева. Гусевы были потомками первого священника обители − протоиерея Василия. На третий день по рождении младенца приходской священник Иоанн Смирнов совершил над ним таинство Крещения в дивеевской церкви в честь Казанской иконы Божией Матери. Новорожденного нарекли Иаковом, в честь брата Господня по плоти − святого апостола Иакова.

Образование Яков получил в Нижегородской семинарии. Незадолго до окончания курса, он женился на Елене Николаевне Виноградовой, родственнице священника Серафимо-Дивеевского монастыря отца Иоанна Смирнова.

30 января 1911 года епископ Нижегородский и Арзамасский сщмч. Иоаким (Левицкий) рукоположил Якова Гусева во священника и определил его к церкви села Худошина Ардатовского уезда. Через три года отец Иаков был переведен в Никольскую церковь села Елизарьева Ардатовского уезда. В земской школе этого села батюшка преподавал Закон Божий.

Отец Иаков Гусев поселился в Елизарьеве в доме напротив храма. Дом был большой, пятистенный, с сенями, террасой, крытым двором. В доме хранилась дивеевская святыня − кусок камня-гранита, на котором молился преподобный Серафим, с живописным изображением Святого, молящегося на камне.

В селе семью священника сразу же полюбили: супружеская чета и их чада отличались особенной добротой и скромностью, необыкновенным радушием и гостеприимством. Отец Иаков был общителен и доступен для своих прихожан. К нему обращались за советом во всех духовных и житейских нуждах.
Службу отец Иаков вел благоговейно, молитвенно, на исповедях был внимателен. Любили елизарьевцы и батюшкины проповеди. Они были немногословны, но доходили до сердца каждого, стоящего в храме. Батюшка говорил тихим голосом, простыми словами объяснял заповеди Божий, призывал соблюдать их; заблудших и нерадивых увещевал не лениться в трудах для своих семей и за все благодарить Господа.

Советская власть лишила отца Иакова избирательных прав. А это влекло за собой целый ряд притеснений применительно ко всем членам семьи: их могли выселить из квартиры, выслать из города, лишить продовольственных карточек, медицинской помощи, исключить детей из школ. Детей лишенцев не принимали в школы второй ступени, училища и высшие учебные заведения, в учреждения на службу, часто они, достигнув совершеннолетия, тоже лишались избирательных прав.

В 1927 году при ликвидации Серафимо-Дивеевской обители был арестован младший брат отца Иакова протоиерей Михаил Иванович Гусев. Через две недели его освободили, и он сразу уехал к владыке просить приход, а семья отца Михаила перебралась в Елизарьево в дом к отцу Иакову. В тот год, как вспоминает дочь отца Михаила, дом отца Иакова был буквально полон нуждающимися в приюте родственниками. Отец Иаков и его супруга были всем как родные. «В моей жизни общение с Елизарьевым осталось как светлое, приветливое, солнечное и любимое воспоминание, радостное от того, что на земле жили такие сердечные и добрые люди»,− вспоминала племянница отца Иакова Мария Михайловна Гусева.

Дивеевская монахиня Серафима (Булгакова) писала, что их, гонимых монастырских сестер, братья-священники устроили жить в Елизарьеве. «Когда мы проходили через Елизарьево, навстречу нам вышел наш монастырский священник отец Михаил со своим братом отцом Иаковом, к которому он переехал. Они стали нас уговаривать переехать в Елизарьево. Они оба родились около монастыря, любили монашенок как родных, и им хотелось, чтобы побольше нас было в Елизарьеве. Возвращаемся из Круглых Панов, а они опять нас встречают. Уже нашли нам квартиру. В избушке на Вертьянове зимовать было невозможно, и мы согласились. Службы в Елизарьеве были только по воскресениям и по праздникам, да накануне сорокоусты, но, чтобы утешить нас, отец Иаков служил гораздо чаще. Мы пели и читали на клиросе в будни. Диаконом и псаломщиком там был отец Александр Соколов, тоже сын монастырского священника. Все трое учились в училище в монастырском приюте и любили монастырь как свою родину, вместе с нами переживали лишение монастыря и всячески нас поддерживали и духовно, и даже материально. <...> Отец Иаков, бывало, едет на базар и чего-нибудь нам завезет: картошки, молока, а если сами придем, всего нам надают с матушкой: и хлеба, и молока, и меду, и ягод − сколько только сможем донести. Жить стало полегче». По благословению братьев Гусевых из села Пузо в Елизарьево перевезли дивеевскую блаженную Марию Ивановну.

Елизарьевский батюшка постоянно терпел притеснения со стороны властей. Его обвиняли то в противодействии установке радио в селе, то в антисоветской агитации «среди отсталой части населения», то в организации развала колхоза. В 1930 году он был арестован и заключен под стражу в Горьковскую тюрьму. В 1931 году отца Иакова снова арестовали и «раскулачили». В 1935 году последовал новый арест. Священника обвинили в подстрекательстве прихожан, которые собирали подписи против закрытия церкви и передачи ее под зернохранилище. На допросах все старушки единодушно утверждали: «Никто нас не посылал, мы сами», – и батюшка осужден не был.

20 ноября 1937 года отца Иакова арестовали в храме и, не позволив даже зайти домой, увезли в арзамасскую тюрьму. В этот же день в Горьком был расстрелян его младший брат протоиерей Михаил.

Протоиерей Иаков Гусев обвинен был в антисоветской деятельности. Его допросили один раз. Отец Иаков на допросах держался достойно и мужественно, виновным себя не признал.

24 ноября 1937 года было подписано обвинительное заключение, а дело передано на рассмотрение «тройки» при УНКВД по Горьковской области. Второго декабря был вынесен приговор: протоиерея Иакова Гусева расстрелять, имущество конфисковать. Расстрелян в Горьком 26 декабря 1937 года.

Священномученик Иаков Гусев определением Священного Синода от 30 июля 2003 года причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания.